Nous sommes au premier jour de l'année scolaire. Encore une année qui s'annonce difficile pour la Classe-E du collège Kunugigaoka surnommée la classe des épaves par leurs camarades. il faut dire que de ce collège sors l'élite des collégien. D'un côté, ce lycée à aussi des méthode très rationnelles d'apprentissage. En effet la classe 3-E à un budget réduit, dois étudier dans un vieux bâtiment délabré loin du bâtiment principal, ne peux faire partie de club et ne dispose pas de cantine. Dans cette classe sont envoyé les cancres ou les voyous.
Cette classe est soumise à une discrimination sans égale. Ce système à été mis en place par le Proviseur du collège qui le protège fortement, ce système ayant largement fait ses preuves (ce n'est pas pour rien que le collège Kunugigaoka est considérer comme l'un des meilleurs).
Oui mais voilà pour la classe 3-E la vie est dur. Entre les discriminations et leur difficultés à apprendre on peux dire que tout va mal.
De plus un étrange événement s'est déroulé en début d'année. La Lune à explosé et 70% de sa surface ont été réduite en miette. C'est juste après cette événement que la classe découvrit son nouveau professeur... Une sorte de poulpe jaune avec de nombreuses tentacules et un large sourire.
Ce Poulpe s'annonce comme le professeur principale de la 3-E mais aussi comme celui ayant détruit la Terre..
Une personne du gouvernement expliqua rapidement la situation : Ce poulpe à bien détruit la Lune. Et il compte détruire la Terre à la fin de l'année scolaire. Le gouvernement à accepté sa proposition n'ayant pu le tuer eux même.
Les élèves de la 3-E se voient donc affubler d'une mission secrète : Tuer Mr Koro avant la fin de l'année scolaire. C'est comme cela qu'est née l'"Assassination Classroom".
